Experimental question
Library prep 真正決定的是「哪些分子能被看見」
低輸入 DNA：少量分子的損失與重複擴增，會放大為 coverage 與 variant calling 的差異。
臨床 RNA：rRNA、globin RNA 與降解程度會競爭有限的 sequencing reads。
深度定序：PCR duplicate、GC bias 與片段分布可能使名義深度不等於有效資訊量。
Published research
四篇高影響力期刊中的實際使用
證據層級：exact-product use
下列資訊來自論文 Methods。它支持特定樣本與流程中的實際使用，不構成跨產品效能比較。
Mitochondrial metabolism and epigenetic crosstalk drive SASP
研究以 H3K27ac 與 H3 ChIP-seq 追蹤老化細胞中粒線體代謝、acetyl-CoA 與發炎基因染色質狀態的連結。
7K0103
2 × 76 bp
方法意義：提供 chromatin-derived DNA 進入 ChIP-seq 建庫的直接案例；CUT&RUN／CUT&Tag 屬合理延伸方向，仍須另行最佳化。
閱讀原始論文 ↗Mechanisms of antigen escape from BCMA- or GPRC5D-targeted immunotherapies in multiple myeloma
以 bulk 與 single-cell WGS、copy-number analysis 解析多發性骨髓瘤在標靶免疫治療後的抗原逃脫機制。
with Fragmentation
>100× tumor
方法意義：該 City of Hope 樣本以 Agilent Bravo 建庫並於 NovaSeq 6000 定序；報告的 >100× tumor 與 >40× normal 為此研究條件，不是 kit 的普遍保證。
閱讀原始論文 ↗Airway immune signatures of protection and disease progression in recent human tuberculosis household contacts
研究以臨床 BAL 樣本描繪結核病接觸者的呼吸道免疫特徵，並比較感染控制與疾病進展相關訊號。
+ Polaris
BAL total RNA
2 × 100 bp
方法意義：這是人類 BAL cell pellet 的 whole-transcriptome 應用。多數樣本 RIN 7.4–9.9，另有一例 RIN 4.1；不能將單篇使用直接外推到所有 degraded RNA。
閱讀原始論文 ↗Positional interpretation of cis-regulatory code and nucleosome organization with deep learning models
以 MNase-seq 與可解釋深度學習模型研究酵母 cis-regulatory sequence 與核小體定位之間的關係。
7K0102-096
2 × 75 bp
方法意義：提供 10 ng mononucleosome-sized DNA 的直接建庫案例。這個數據點描述該 MNase-seq workflow，並非所有低輸入樣本的預期表現。
閱讀原始論文 ↗Manufacturer information
原廠規格
| 產品 | 原廠輸入範圍 | 主要流程／定位 | 品號（代表規格） | 使用限制 |
|---|---|---|---|---|
| DNA Library Prep Kit fragmented dsDNA | 500 pg–1 µg | 由已片段化 DNA 建立 Illumina-compatible library；官方列出 cfDNA、ChIP-seq、WGS/WES 與 targeted sequencing 等應用。 | 7K0101 / 7K0102 / 7K0103 系列 | Research Use Only；輸入範圍不等於各樣本型別的保證產量。 |
| DNA Library Prep Kit with Fragmentation integrated Frag / ER / A-tailing | 1–500 ng DNA | 單管酵素片段化、end repair 與 A-tailing；可選 PCR-free 或含 amplification 的組合。 | 7K0013 / 7K0022 / 7K0019 系列 | Research Use Only；片段分布受 DNA 品質、來源與反應條件影響。 |
| RNA Library Prep Kit with Polaris® Depletion stranded whole transcriptome | 1 ng–1 µg total RNA | rRNA depletion；human workflow 可含 globin depletion。原廠規格為 under 4.5 hours，並設有 FFPE 處理步驟。 | 7BK0002-024 / -096 / -384 | Research Use Only；globin depletion 為 human-specific，樣本品質與物種需配合相應 probe set。 |
建庫後的總濃度也不能單獨代表資訊量。若少數分子被大量擴增，library yield 可能很高，但 unique molecule 數、覆蓋均一性與低頻變異偵測能力仍可能不足。實驗室應把濃度、片段分布、duplicate rate、mapping、GC bias 與研究專屬指標放在同一份 QC 報告中判讀，並用相同批次的陽性、陰性與輸入對照確認流程是否穩定。
Workflow 01 + 02
兩條建庫路徑，對應兩種資訊瓶頸
DNA workflow 關注分子轉換與 amplification bias；RNA workflow 先移除高豐度但非目標的 RNA，再保留 stranded whole-transcriptome 資訊。
DNA Library Prep
DNA → SEQUENCEABLE LIBRARY樣本與 QC
gDNA、FFPE DNA、cfDNA、ChIP／MNase DNA；確認濃度、純度、完整性與片段狀態。
Fragmentation
with Fragmentation kit 進行酵素片段化；已片段化 DNA 則進入標準 DNA Library Prep。
End repair + A-tailing
建立適合 adapter ligation 的末端；反應效率會影響可轉換分子數。
Adapter ligation
連接 adapter／UDI；依研究設計選擇 PCR-free 或後續 amplification。
Sequencing + QC
WGS、targeted sequencing、ChIP-seq、MNase-seq；檢查 duplicate、insert size、GC 與 coverage。
文獻對應：100 ng tumor DNA PCR-free WGS；ChIP DNA；10 ng MNase-derived DNA。平台與 read length 依研究設計選擇。
RNA Library Prep with Polaris® Depletion
RNA → INFORMATIVE TRANSCRIPTOMETotal RNA + QC
BAL、blood、FFPE 或其他研究樣本；RIN／DV200、濃度、物種與樣本歷史需一併記錄。
Polaris depletion
以對應 probe workflow 降低 rRNA；human blood-related workflow 可處理 globin transcripts。
Fragment + prime
依 RNA 品質調整條件。已高度降解的 RNA 不應套用完整 RNA 的預設片段化假設。
cDNA + ligation
reverse transcription、second-strand synthesis 與 adapter ligation，建立 stranded library。
Amplify + sequence
whole-transcriptome sequencing；評估 rRNA rate、gene detection、duplication、strandedness 與 coverage。
去除高豐度 RNA 的目的，是重新分配 reads，而不是讓每個低豐度 transcript 都必然被偵測；偵測能力仍受起始分子數與 sequencing depth 影響。
Application matrix
從研究問題反推建庫選擇
先定義要保留的分子資訊，再選 chemistry。表格中的「建議路徑」是產品定位，不取代樣本適用性與 pilot validation。
| 研究問題 | 建議路徑 | 關鍵 QC／控制 |
|---|---|---|
| Tumor／matched-normal WGS | DNA Prep with Fragmentation；DNA 足量時評估 PCR-free | input integrity、coverage uniformity、duplicate、tumor purity |
| cfDNA／fragmentomics | DNA Library Prep Kit（fragmented DNA） | 片段峰、adapter dimer、unique molecules、陰性控制 |
| ChIP-seq／MNase-seq | DNA Library Prep Kit | input control、FRiP／signal-to-noise、replicate concordance |
| BAL／blood host-response RNA-seq | RNA Prep + Polaris Depletion | RIN／DV200、rRNA rate、cell-composition covariates、batch |
| FFPE whole-transcriptome | RNA Prep + Polaris Depletion；使用 FFPE 對應條件 | DV200、fragmentation setting、gene-body coverage、no-template control |
| Alternative splicing／fusion discovery | RNA Prep + Polaris Depletion | insert size、junction reads、depth、orthogonal validation |
High-impact publication matrix
矩陣呈現「曾被使用」的條件。不同物種、保存方式、萃取方法、input quality 與 analysis pipeline 都可能改變結果。
Product positioning
Watchmaker 的研究定位
Cancer genomics × low-input epigenomics
DNA 產品線同時涵蓋已片段化 DNA 與整合片段化流程。公開論文已呈現 tumor PCR-free WGS、ChIP-seq 與 10 ng MNase-seq；各案例的輸入、平台與 QC 門檻不同。
Clinical samples × whole transcriptome
Polaris 將 depletion 與 stranded RNA library construction 串成一條流程，重點在 rRNA／特定 human workflow 的 globin 處理與臨床相關樣本。BAL 文獻提供直接使用案例。
Reproducibility checklist
送樣與 pilot 前，請先固定六組變因
來源、保存時間、凍融次數、萃取方法、FFPE 年限與 pre-analytical handling。
移液器、混合方式、bead handling、磁力架時間與批次間操作差異。
lot、效期、解凍與冰上時間、mixing、ethanol 新鮮度及 adapter／index 配置。
thermocycler、fragmentation 條件、PCR cycles、sequencer、read length 與目標深度。
sample sheet、plate map、UDI、操作者、日期、automation script 與偏差紀錄。
RIN／DV200、片段分布、yield、duplicate、mapping、GC、rRNA rate 與研究專屬指標。
References & source note
文獻與原廠資料
- Martini H, et al. Mitochondrial metabolism and epigenetic crosstalk drive SASP. Nature (2026).Methods：Watchmaker DNA Library Prep Kit（7K0103）；H3K27ac／H3 ChIP-seq；Element AVITI。
- Lee H, Ahn S, Maity R, et al. Mechanisms of antigen escape from BCMA- or GPRC5D-targeted immunotherapies in multiple myeloma. Nature Medicine 29, 2295–2306 (2023).Methods：100 ng DNA；Watchmaker DNA Library Prep with Fragmentation；PCR-free WGS。
- Airway immune signatures of protection and disease progression in recent human tuberculosis household contacts. Nature Immunology 27, 1577–1589 (2026).Methods：200 ng BAL total RNA；RNA Library Prep Kit with Polaris ribosomal RNA depletion。
- McAnany CE, Weilert M, Mehta G, et al. Positional interpretation of cis-regulatory code and nucleosome organization with deep learning models. Nature Communications 17, 8326 (2026).Methods：10 ng purified DNA；Watchmaker DNA Library Prep Kit（7K0102-096）；MNase-seq。
- Watchmaker Genomics — DNA Library Prep Kits.產品定位、應用、輸入範圍與品號。存取日期：2026-09-16。
- Watchmaker Genomics — DNA Library Prep Kit with Fragmentation User Guide.整合 fragmentation、end repair、A-tailing 與 1–500 ng input 規格。存取日期：2026-09-16。
- Watchmaker Genomics — RNA Library Prep with Polaris® Depletion.產品內容、1 ng–1 µg input、保存條件、品號與 Research Use Only 限制。存取日期：2026-09-16。